Навлизането в тъканите на един или повече видове гъбички води до получаването на гъбични инфекции. Те варират от кожни възпаления до тежки инфекции на белите дробове и кръвта (септицемия). Някой гъбички са опортюнистични, докато други са патогенни и могат да причинят заболяване без значение дали имунната система е силна или не.